Covid-19: Bloom recupera le prime sequenze del virus

Recuperati parzialmente i dati cancellati dalla Cina.
Più similitudini con il virus del laboratorio che con quello del mercato ittico.

Jesse Bloom, ricercatore di Seattle e virologo presso il Fred Hutchinson Cancer Center, è riuscito a recuperare in internet 13 sequenze del primissimo SARS-CoV-2 di Wuhan, raccolti presso il Renmin Hospital di Wuhan e che appartenevano ad un set di oltre 200 campioni di virus dei primi casi del virus.

La notizia arriva dopo la recente denuncia di un’anomala e sospetta scomparsa di dati dai database scientifici, chiesta dalla Cina (approfondimento al link).

Come riporta Il Corriere della Sera dal quale riprendiamo i punti salienti, la disamina fatta dal ricercatore mette in luce che i ceppi virali isolati al mercato ittico di Wuhan fossero successivi a quelli raccolti con tampone nasale dai pazienti ambulatoriali, facendo dunque pensare che il mercato ittico non sia stata l’origine dell’epidemia, nonostante quest’ultima sia confermata dall’indagine congiunta svolta da Cina e Oms.

Viene messo in luce, inoltre, che anche i casi precedenti a dicembre 2019 e le sequenze analizzate addirittura in Paesi fuori dalla Cina sono più vicine al progenitore-virus dei pipistrelli rispetto a quelle del mercato.

Benché il suo lavoro non sia ancora stato sottoposto a revisione paritaria o pubblicato su riviste scientifiche, cercando all’interno del National Institutes of Health (contenente il Sequence Read Archive – sito dove gli scienziati di tutto il mondo depositano dati di sequenziamento), il ricercatore ha notato un foglio di calcolo appartenente a uno studio cinese pubblicato a maggio 2020 sulla rivista PeerJ che conteneva le sequenze iniziali di SARS-CoV-2 a partire dal 31 marzo 2020; la maggior parte delle sequenze provenivano proprio da un progetto di ricerca dell’Università di Wuhan chiamato PRJNA612766.

In quel momento Bloom si è accorto che le sequenze erano state eliminate. Da qui ha ricostruito che i dati cancellati corrispondevano a quelli di in uno studio che ha parzialmente sequenziato 45 campioni nasofaringei di pazienti ambulatoriali di Wuhan con sospetta COVID-19 nelle prime fasi dell’epidemia.

Per farlo, ha utilizzato delle funzioni di storage di Google Cloud ritrovando i file ed è riuscito a recuperare 34 sequenze tramite le quali ha ricostruito le sequenze virali parziali di 13 di questi campioni:

Tutti concordano che gli antenati del SARS-CoV-2 siano i coronavirus dei pipistrelli, pertanto ci aspetteremmo che le prime sequenze siano più simili ai coronavirus dei pipistrelli e che queste, col passare del tempo (dato che il virus si evolve), diventino man mano più divergenti da questi antenati. Invece, i primi virus provenienti dal mercato ittico di Wuhan sono maggiormente diversi dai coronavirus dei pipistrelli rispetto ai virus raccolti successivamente in Cina e persino in altri Paesi del mondo.”

Gli studi di Bloom sostengono che il virus circolasse a Wuhan prima dello scoppio di dicembre al mercato del pesce. Lo stesso, in merito alla cancellazione dei dati, ricordando che molti laboratori in Cina hanno ordinato di distruggere i primi campioni di Covid-19 e che un ordine del Consiglio di Stato cinese, nella sua relazione dice quanto di seguito:

Non c’è una ragione scientifica plausibile per la cancellazione dei dati, sembra probabile che le sequenze siano state cancellate per oscurare la loro esistenza. Non possiamo davvero dire perché siano state rimosse, ma la conseguenza pratica della loro rimozione è stata che le persone non si sono accorte della loro esistenza

La National Library of Medicine non ha fornito il nome della persona che ha richiesto l’eliminazione dei dati ed il progetto di sequenziamento in questione (PRJNA612766) è scomparso anche dalla China National GeneBank (CNGB).